İki kardeş daha sonra bölgede idare ve güvenliği sağlamak üzere iş bölümü yaptı. Ülkenin daha güvenli olan doğu tarafları Hızır Reis'e, merkezi Cezayir olan batı bölgeleri Oruç Reis'e bırakıldı. Askerî kuvvetlere çeki düzen verildi. Nüfus ve arazi sayımı yapılarak asker sayısı ve gelirlerin miktarı tespit edildi. Oruç Reis'in Cezayir'de güçlenmesi İspanyollar kadar civardaki Tunus beylerini de rahatsız ediyordu.
Tilimsân hâkimi Ebû Hammû, Oruç Reis'i Afrika'dan uzaklaştırmak için İspanyollar'la iş birliği yaptı. Halkın yardım talebi üzerine Oruç Reis ağabeyi İshak ile birlikte harekete geçti, Tilimsân hâkimini yenerek şehre girdi. Tilimsân hâkimi kaçıp İspanya yönetimindeki Vehrân'a sığındı. Oruç Reis, bir taraftan Fas sultanı ile anlaşma yapmaya çalışırken diğer taraftan bölgedeki kabileleri itaat altına almaya gayret etti. Ancak Tilimsân halkı Oruç Reis'in kendi adına hareket etmesinden rahatsızlık duymaya başlamıştı.