Kilise olarak inşa edilen yapının asıl ismi Sergios ve Bakhos Kilisesi idi. Doğu Roma İmparatoru I. Jüstinyen (Justinianos/Iustinianus) ve karısı Theodora tarafından 527 senesinde yapımına başlanan kilisenin inşaatı 532 yılındaki Nika Ayaklanması sırasında zarar görünce ancak 536 yılında tamamlanabilmiştir. Kilise ismini hristiyanlığa geçtikleri için işkence ile öldürülen ve daha sonra azizlik mertebesine getirilen Sergios ve Bakhos isimli iki askerden almıştır. Efsaneye göre; İmparator I. Anastasios (Anastasius)'a karşı bir komploya karıştıkları iddiasıyla idama mahkûm edilen Jüstinyen ve amcası Justin sabah gerçekleşecek olan idamlarını beklerken, o gece Aziz Sergios ve Aziz Bakhos İmparator Anastasios'un rüyasına girmiş ve onların suçsuz olduklarını söylemişlerdir. Bundan etkilenen imparator da Jüstinyen ve amcasını affetmiştir. Jüstinyen tahta geçtiğinde ise bu iki azize olan minnetini göstermek için bu kiliseyi inşa ederek kiliseye Aziz Sergios ve Aziz Bakhos'un adlarını vermiştir.
I. Jüstinyen dönemi Doğu Roma için adeta bir rönesans niteliği taşımaktadır. Birçok alanda görülen yenileşme ve ilerleme kendini mimaride de göstermiş, çeşitli deneysel eserler verilmiş, İstanbul farklı ve iddialı birçok yapı ile donatılmıştır. Sergios ve Bakhos Kilisesi de bu eserlerden biridir.
Sergios ve Bakhos Kilisesi, ilerleyen tarihlerde de şehrin en önemli kiliselerinden biri olarak kabul edilmiştir. Sarayın ileri gelenlerinin senede bir defa buraya gelerek büyük bir anma töreni düzenlemesi gelenek halini almıştır. 9. yüzyılda kilise Latin rahiplere terk edilir.
MİMARİ ÖZELLİKLERİ
Yapı başkent Konstantinopol`da merkezi planlı, birinci dönem Bizans kiliselerinin tipik örneklerindendir. Düzgün olmayan dikdörtgen planlı kilisenin batısında narthex kısmı, doğusunda da yarım altıgen biçimindeki apsis kısmı yer alır. Düzgün olmayan dikdörtgenin içine yerleştirilmiş olan sekizgen planlı orta mekân, köşelerinde exedra denilen yarım daire biçimli nişlerle genişletilmiştir. Bu orta mekânın köşelerine çokgen biçimli ayaklar ile apsis hariç bunların arasına ikişer sütun yerleştirilerek orta mekân ile apsis arasında bir mekân bütünlüğü sağlanmıştır.
Bu plan şeması bakımından yapı; Ravenna - St. Vitale, Aachen - Aix Le Chapella ve Basra - Bacchus kiliseleri ile benzer özelliklere sahip olmasına rağmen üçüncü boyutta tamamen farklıdır. Orta mekân üzerinde köşelerindeki sekiz büyük ayak ile taşınan 16 dilimli bir kubbe yer almaktadır. Bu dilimlerin sekizi düz, sekizi de iç bükey olup düz dilimlerde çekme gerilemelerinin erkisinde kalan alt kısımlarda bu etkiyi kaldırmak için kemer biçimli pencereler açılmıştır. Orta mekândan dikdörtgen forma geçişi sağlayan koridorların üstü tonozlarla geçilerek üst katta galeri şeklini alır. Galeri katında exedraların üstü üç kemerle taşınan yarım kubbelerle geçilmiştir.
Yapı içinde malzeme olarak ayaklarda zemin katta 4 cm. harç ile bağlanmış kavkılı kalker, galeri katında ise tuğla kullanılmıştır. Koridorların ve galeri katının tonozları ile merkezi kubbede de malzeme olarak tuğla kullanılıp tuğlalar tonozun merkezinde birleşen ışınsal derzler oluşturacak biçimde yerleştirilmiştir.
Dikdörtgen yapının içine sekizgen oluşturacak şekilde yerleştirilmiş sütunların üstünü kaplayan dalgalı ana kubbe, dört yarım kemer ve dört yarım kubbe ile desteklenmiş böylece yapının iç mekânının genişlemesi sağlanmıştır. İlk defa kullanılan bu yarım kubbe modeli sayesinde hem iç mekânlarda ekstra bir genişlik sağlanmış hem de büyük kubbelerin ağırlığının yandaki yarım kubbelere aktarılması sayesinde daha büyük ana kubbeler yapılmasının yolu açılmıştır.
Bu açıdan Küçük Ayasofya kendinden birkaç yıl sonra inşa edilecek olan "Büyük" Ayasofya'nın küçük ölçekli bir denemesi olmuştur.
9. yüzyıldaki ikonoklazm döneminde bazı iç süslemeleri zarar görmüş ama aynı yüzyıl içinde onarılmıştır. En büyük zararı ise 1204 yılındaki Latin İstilası döneminde görmüştür.
TÜRK MİMARİSİNİ ETKİLEYEN BİR ESER
Ayasofya gibi anıtsal bir yapı ile başarısını kanıtlayan yarım kubbeli model İstanbul'un fethinden sonra Türk mimarisini de etkileyerek bugünkü camilerimizin alametifarikası olan kubbeli görüntünün de temelini oluşturmuştur. İstanbul'un fethinden önce Türk cami mimarisi kare yapı üzerine yerleştirilen görece küçük çaplı kubbelere dayanmaktaydı. Büyük bir cami yapılmak istendiğinde ise bu yapılardan bir kaçı yan yana getirilir yani yapı birbirinden bağımsız yan yana dizilmiş birçok kubbe ile örtülmüş olurdu.
Ayasofya'nın dolayısıyla Küçük Ayasofya'nın etkisinden sonra ise yarım yan kubbeleri kullanmaya başlayan Türk mimarlar Süleymaniye'deki gibi devasa ana kubbeler ve birbirlerini destekleyerek aşağı doğru inen yarım kubbelerden oluşan kubbe şelaleleri inşa etmişlerdir. Aynı şekilde Küçük Ayasofya'nın kubbesinin oturtulduğu sekizgen yapı şekli de Türk mimarlar, özellikle Mimar Sinan tarafından birçok eserde kullanılmıştır. Örneğin Rüstem Paşa ve Selimiye camilerinde kubbenin sekizgen yapı üzerine oturtulmuş olduğunu görmekteyiz.
CAMİYE ÇEVRİLEN BİR AYASOFYA
İstanbul'un fethinin ardından kilise hemen camiye çevrilmemiştir. Fatih Sultan Mehmet döneminde kilise olarak kullanılmaya devam edilen yapı II. Bayezid döneminde kimilerine göre 1497 kimilerine göre ise 1504 yılında sarayın Bâbüssaâde Ağası (Kapı Ağası) Hüseyin Ağa tarafından camiye çevrilmiştir.
Küçük Ayasofya adı yapının camiye çevrilmesinden önce asıl Ayasofya ile olan benzerliği sebebiyle mahalle halkı tarafından verilmiştir. Camiye çevrildikten sonra da Hüseyin Ağa'nın adı yerine bu isimle anılmaya devam etmiştir.
YENİ BİR YOLCULUK DAHA
Camiye çevirme ile birlikte yapının batı cephesine 5 küçük kubbe ile örtülü son cemaat yeri eklenmiş, avlunun etrafına da daha sonra medrese olarak kullanılacak olan zaviye odaları inşa edilmiştir. Balkan Savaşları esnasında İstanbul'a kaçanların yerleştirildiği bu odalar günümüzde geleneksel el sanatı eserlerinin üretilip satıldığı atölye/dükkânlar olarak kullanılmaktadır.
Yapının güneybatı köşesine ana binadan bağımsız bir minare eklenmiştir. Eklenen ilk minarenin nasıl olduğu bugün bilinmemektedir. Ancak bu minarenin yerine 18. yüzyılda Sadrazam Mustafa Paşa tarafından barok üslubunda yeni bir minare inşa edildiği kaynaklarda geçmektedir. Sekizgen bir kaide üzerine inşa edilen bu minarenin düz levha şeklinde korkuluklara ve barok süslemelere sahip bir şerefesi ile kurşun kaplı klasik bir külahı olduğu bilinmektedir.
Ancak bu minare 1936 yılında bilinmeyen bir sebepten dolayı kaidesine kadar yıkılmış, bir süre minaresiz kalan yapıya 1955 yılında bugünkü minaresi eklenmiştir. Caminin avlusunda bulunan, 1740 yılında Sadrazam Ahmed Paşa tarafından inşa ettirilmiş, sekizgen şeklindeki havuzlu mermer şadırvan da 1938 senesinde yıkılmıştır. Caminin bahçesinde girişe göre sol tarafta bulunan türbe Sultan II. Bayezid'in Kapı Ağası olan Hüseyin Ağa'ya aittir. Camiye çevirttiği Küçük Ayasofya ve hemen yakınındaki Çardaklı Hamamı, Amasya'daki Kapı Ağası Medresesi ve bedesteni, Amasya'nın kuzeydoğusunda Sonisa (Uluköy)'daki cami ile medrese, Çarşıkapı'daki mescid ve Edirne'deki hanlar gibi yaptırdığı birçok yapıdan Hüseyin Ağa'nın son derecede zengin biri olduğu anlaşılmaktadır.